Binter Canarias surgió dentro de Iberia para encargarse de los vuelos interinsulares canarios, al igual que Binter Mediterráneo volaba en Baleares y ciudades costeras mediterráneas.
En 1989 Iberia creaba dos aerolíneas de nicho: Bajo el nombre de Binter, una en Canarias y otra en Baleares. Sus primeros aviones fueron el CASA CN-235, pero pronto, en Canarias, comenzaron a llegar los ATR 72.
Binter Canarias hizo su primer vuelo el 26 de marzo de 1989, unió Tenerife Norte con Gran Canaria, con 40 pasajeros a bordo y con los comandantes Ricardo Génova y Alfonso García Bach y la TCP Katia Fernández como tripulación de ese vuelo.
Binter Mediterráneo fue vendida por Iberia a Air Nostrum en 2001, cuando ambas firmaron su acuerdo de colaboración por el que Air Nostrum volaría como Iberia Regional, y fue absorbida por esta. Binter Canarias, por su parte fue también vendida en 2002 a un grupo de empresarios canarios, continuando sus operaciones. 
En estos 37 años, ha transportado a más de 96,6 millones de pasajeros en 115 rutas entre 65 aeropuertos. 57 de ellos fuera de Canarias. Hoy vuela a todos los aeropuertos del archipiélago y desde allí a 19 destinos nacionales y 10 internacionales, con 60 rutas. En 2025 batió su récord, superando los 6,1 millones de pasajeros anuales.
Binter está formada por 17 empresas con diferentes cometidos dentro de lo que denomina su “ecosistema”, con una plantilla de algo más de 2.900 empleados.
