La localidad ecuatoriana de Guayaquil se ha sumado el 16 de diciembre de 2016 a la red de destinos de Air Europa.
Pocos minutos antes de las 12 de la noche del 16 al 17 de diciembre el Airbus A330-200 EC-JQG de Air Europa cerraba sus puertas en el aeropuerto Adolfo Suarez Madrid Barajas para completar la primera rotación del vuelo AEA039 entre este y el de José Joaquín de Olmedo de Guayaquil. Según señalan desde Air Europa “La intención de la línea aérea es consolidar esta ruta alcanzando a partir del verano de 2017 unos niveles de ocupación superiores al 80 por ciento”.
A bordo de este vuelo inaugural, más de un 90 por ciento de sus asientos ocupados, como ocurrirá en el vuelo de regreso el 17 de diciembre. 
Inicialmente Air Europa operará la ruta los lunes, martes, jueves, viernes y domingo, aunque entre mediados de enero y mayo, se operará con salida de Madrid los martes, jueves y domingo. Desde mayo se volverá a las cinco frecuencias semanales.
Además, Air Europa ha llegado a un acuerdo con la aerolínea ecuatoriana TAME por el que pondrá su código de vuelo en los de esta entre Guayaquil y Quito, además de ofrecer conexiones a los demás destinos operados por TAME. En 2017 este acuerdo de código compartido se ampliará a las islas de Baltra y San Cristóbal en el archipiélago de las Galápagos.
Antes de la salida del vuelo, Juan José Hidalgo, presidente de Air Europa y Miguel Calahorrano, embajador de Ecuador en España han dicho unas breves palabras junto a la puerta de embarque del vuelo, destacando los lazos entre España y Ecuador y la importancia que tiene esta nueva operación, más cuando Iberia ha anunciado que dejará de volar a la ciudad ecuatoriana en 2017.
El domingo 18 de diciembre Air Europa sumará un nuevo destino de largo radio: la ciudad argentina de Córdoba. La apertura de estos dos vuelos coincide además con la llegada de dos nuevos Boeing 787-8 a la flota de la aerolínea. El EC-MMX que llegó a Madrid procedente de la factoría de Boeing en Charleston el 15 de diciembre, y el EC-MMY, cuya llegada a Madrid, de la misma procedencia, está prevista para la madrugada del día 20 de diciembre.
