Un Airbus A320, que partió del aeropuerto Charles de Gaulle de París a las 23:04 hora local y debía llegar al aeropuerto internacional de El Cairo sobre las 03:00 horas de la madrugada del día 19, desapareció de los radares apenas había entrado en el espacio aéreo egipcio, sobre las 02:30 de la madrugada (00:45 GMT).
EgyptAir ha explicado que las horas de vuelo del comandante, del que no ha dado más detalles, eran 6.275, mientras el copiloto cuenta con un historial de 2.766 horas de vuelo.
El ministro griego de Defensa, Panos Kamenos, declaró que el avión de EgyptAir descendió, ya dentro del espacio aéreo egipcio, desde los 37.000 pies hasta los 15.000, y se perdió en los radares.
Según comunicó la Aviación Civil griega, el avión con el número de vuelo MSR 804 entró en el espacio aéreo griego a las 2.24 hora local (11:24 GMT). Mantuvo el contacto con la torre de control de Atenas hasta las 2:48 (11:48 GMT), donde la torre de control le indicó el trayecto que debía tomar hasta abandonar el espacio aéreo griego.
Según informan varias agencias de noticias el controlador afirmó que el comandante estaba alegre y le dio las gracias en griego. A las 3:27 (00:27 GMT), la torre de control de Atenas trató de ponerse de nuevo en contacto con la aeronave para darle la salida hacia el espacio aéreo egipcio. A pesar de hacer varias llamadas, el controlador no recibió respuesta, tras lo cual dio la voz de alarma y la nave se dio como desaparecida, indicó Aviación Civil en un comunicado.
Kamenos precisó que la señal pidiendo rescate llegó a las 3:37 hora local (00:37 GMT) y que cuatro minutos mas tarde despegó un avión C-130 de las Fuerzas Aéreas para iniciar la operación de búsqueda. 
Representantes del Gobierno egipcio especularon durante todo el día sobre un ataque terrorista como posible causa de la desaparición del avión, mientras que medios españoles como El País, afirman que las autoridades francesas están investigando posibles fallos de seguridad en el aeropuerto parisino desde el que partió el avión, Roissy-Charles De Gaulle.
